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http://repositorio.ufc.br/handle/riufc/75791| Type: | TCC |
| Title: | Avaliação preliminar da variabilidade genética do vírus da Síndrome da Mancha Branca (WSSV) |
| Authors: | Cavalcante, Raquel Moraes |
| Advisor: | Maggioni, Rodrigo |
| Co-advisor: | Rocha, Rafael dos Santos |
| Keywords in Brazilian Portuguese : | Carcinicultura;Virologia;Genética |
| Keywords in English : | Shrimp farming;Virology;Genetics |
| Knowledge Areas - CNPq: | CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::RECURSOS PESQUEIROS E ENGENHARIA DE PESCA::ENGENHARIA DE PESCA |
| Issue Date: | 2023 |
| Citation: | CAVALCANTE, Raquel Moraes. Avaliação preliminar da variabilidade genética do vírus da Síndrome da Mancha Branca (WSSV). 2023. 73 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Pesca) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2023. |
| Abstract in Brazilian Portuguese: | Entre as patologias existentes que interferem no desempenho da produção carcinícola, as que mais se expressam de forma significativa gerando prejuízo econômico são as de origem viral. A Síndrome da Mancha Branca (White Spot Syndrome - WSS), se destaca como mais comum, ocorrendo em diversos continentes. O diagnóstico molecular é essencial para identificar a infecção viral, porém a presença de mutações pode afetar a precisão do resultado, havendo a necessidade de estudos voltados para essa problemática. Portanto, o objetivo geral desta pesquisa foi avaliar, preliminarmente, a presença de polimorfismo no WSSV a partir da análise de diferentes regiões ORF. Como objetivos específicos, foram estabelecidos: analisar o genoma do WSSV em diferentes amostras de camarão, depositadas no banco genômico público (GenBank), discutir a possível interferência de falsos negativos no diagnóstico molecular, em decorrência da provável variabilidade genética do patógeno elencado e verificar qual ORF possui melhor perfil de variabilidade genética para o WSSV, patógeno do camarão marinho Penaeus vannamei. A partir de uma de PCR in silico foi possível validar se os primers das ORFs 23/24 a, 14/15 a, 94 a, e 75 a, amplificaram para as sequências selecionadas.Após, foram utilizados o software MEGA e PopArt para verificar cada região potencial de polimorfismo e a similaridade entre as sequências, os dados foram analisados em dendrogramas e gráficos filogenéticos ou rede de haplótipos,visando identificar o número de perfis polimórficos presente em cada alinhamento.As ORFs apresentaram variação quanto ao número de perfis,sendo obtido 9 perfis polimórficos para a ORF 23/24 a, em que das 30 sequências selecionadas,apenas 14 foram alinhadas.Já para a ORF 14/15a, 14 perfis polimórficos foram indicados,a partir de 23 sequências, para a ORF 94 a, foram identificados 17 perfis,a partir de 21 amostras alinhadas, e para a ORF 75 a foi possível observar a presença de 12 perfis polimórficos a partir das 26 sequências completas alinhadas.Portanto, o estudo das árvores filogenéticas nos permitem observar que houve mais polimorfismo nos alinhamentos correspondentes à ORF 94 a, exprimindo-se com eficiência para a presente análise, podendo ser aplicada em possíveis estudos epidemiológicos, verificação da variabilidade genética e disseminação do vírus da Síndrome da Mancha Branca. |
| Abstract: | Among the existing pathologies that interfere with the performance of shrimp farming, those of viral origin are the ones that most significantly express themselves, causing economic losses. White Spot Syndrome (WSS), stands out as the most common, occurring on various continents. Molecular diagnosis is essential to identify viral infection, but the presence of mutations can affect the accuracy of the result, necessitating studies focused on this issue. Therefore, the general objective of this research was to preliminarily evaluate the presence of polymorphism in WSSV through the analysis of different ORF regions. Specific objectives were established: analyze the WSSV genome in different shrimp samples deposited in the public genomic bank (GenBank), discuss the possible interference of false negatives in molecular diagnosis due to the probable genetic variability of the listed pathogen, and determine which ORF has the best genetic variability profile for WSSV, a pathogen of the marine shrimp Penaeus vannamei.Through in silico PCR, it was possible to validate whether the primers of ORFs 23/24 a, 14/15 a, 94 a, and 75 a amplified for the selected sequences. Subsequently, the MEGA and PopArt software were used to check each potential polymorphic region and the similarity between sequences. The data were analyzed in dendrograms and phylogenetic graphs or haplotype networks to identify the number of polymorphic profiles present in each alignment. The ORFs showed variation in the number of profiles, with 9 polymorphic profiles obtained for ORF 23/24 a, where out of 30 selected sequences, only 14 were aligned. For ORF 14/15 a, 14 polymorphic profiles were indicated from 23 sequences, and for ORF 94 a, 17 profiles were identified from 21 aligned samples. For ORF 75 a, 12 polymorphic profiles were observed from the 26 complete aligned sequences. Therefore, the study of phylogenetic trees allows us to observe that there was more polymorphism in the alignments corresponding to ORF 94 a, expressing itself efficiently for the present analysis and can be applied in possible epidemiological studies, verification of genetic variability, and spread of White Spot Syndrome virus. |
| URI: | http://repositorio.ufc.br/handle/riufc/75791 |
| Author's Lattes: | http://lattes.cnpq.br/0943202373811283 |
| Access Rights: | Acesso Aberto |
| Appears in Collections: | ENGENHARIA DE PESCA - Trabalhos Acadêmicos |
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| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
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