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http://repositorio.ufc.br/handle/riufc/69954| Type: | TCC |
| Title: | Análise de sintenia dos genes glicolato oxidase (gox) e indutor apoptotico de condensação da cromatina (ACIN1) em Vigna unguilata [L.] Walp |
| Title in English: | Syntheny analysis of the glycolate oxidase (gox) and apoptotic inductor of chromatin condensation (ACIN1) genes in Vigna unguilata [L.] Walp |
| Authors: | Aguiar, Alex Martins de |
| Advisor: | Alves, Murilo Siqueira |
| Keywords: | Genômica;Sintenia;Feijão-caupi |
| Issue Date: | 2022 |
| Citation: | AGUIAR, A.M d. (2022) |
| Abstract in Brazilian Portuguese: | A bioinformática proporcionou o avanço de análises associando métodos tecnológicos que permitiram o processo, a coleta e a análise dos dados biológicos que, anteriormente, eram realizados diretamente in vivo, puderam ser avaliados previamente a partir de análises e testes in silico. Tais avanços ocorreram através de ferramentas computacionais capazes de analisar dados biológicos. O acúmulo dessas informações na forma de dados fornece grande potencial para análises genômicas, proteômicas, transcriptômicas, dentre outras ômicas. Acompanhando o desenvolvimento dessas tecnologias de análises de dados biológicos, o uso de softwares para análises dessas informações tornou-se imprescindíveis. Dessa forma, ferramentas de bioinformática tornaram-se relevantes para experimentos na área. A análise de sintenia permite verificar a colinearidade entre genes de espécies distintas e permite a identificação de eventos de alteração estrutural do genoma que podem refletir o processo evolutivo dos organismos que estão sendo analisados. Com o objetivo de realizar uma caracterização genômica de genes em Vigna unguiculata [L.] Walp, o presente trabalho utilizou o software de genômica comparativa. (TBtools) Para análise de co-localização do gene Glicolato oxidase (GOX) e o Indutor Apoptótico de Condensação de Cromatina no Núcleo (ACIN1) entre espécies de Fabaceae e no caso da GOX, Poaceae. Na análise de sintenia do gene GOX, foi encontrado colinearidades entre as espécies S. bicolor e G. Max e entre S. bicolor e O. sativa. No entanto, não foi observada colinearidade entre S. bicolor e V. unguiculata. Há distância evolutiva entre os genes GOX, porém existe uma divergência funcional sugerida entre alguns ortólogos. Por outro lado, ACIN1 esteve presente em todas as espécies analisadas, havendo colinearidade entre as poucas cópias gênicas encontradas. Esses resultados permitem analisar a evolução dos genes entres as espécies estudadas e auxiliar futuros estudos de genômica comparativa envolvendo essas espécies. |
| Abstract: | Bioinformatics provided the advancement of analyses associating technological methods that allowed the process, collection and analysis of biological data that, previously, were performed directly in vivo, could be previously evaluated from in silico analyses and tests. Such advances occurred through computational tools capable of analyzing biological data. The accumulation of this information in the form of data provides great potential for genomic, proteomic, transcriptomic, among other omics analysis. Accompanying the development of these technologies of biological data analysis, the use of software to analyze this information has become essential. Thus, bioinformatics tools have become relevant for experiments in the area. The analysis of synteny allows to verification the collinearity between genes from different species and allows the identification of events of structural change in the genome that may reflect the evolutionary process of the organisms being analyzed. To perform a genomic characterization of genes in Vigna unguiculata [L.] Walp, the present work used the comparative genomics software (TBtools) to analyze the co-localization of the gene Glycolate oxidase (GOX) and the Apoptotic Inducer of Chromatin Condensation in the Nucleus (ACIN1) among species of Fabaceae and in the case of GOX, Poaceae. In the synteny analysis of the GOX gene, collinearities were found between S. bicolor and G. Max and between S. bicolor and O. sativa. However, no colinearity was observed between S. bicolor and V. unguiculata. There is an evolutionary distance between GOX genes, however, there is a suggested functional divergence between some orthologues. On the other hand, ACIN1 was present in all analyzed species, with colinearity among the few gene copies found. These results allow the analysis of the evolution of genes among the studied species and help future comparative genomics studies involving these species |
| Description: | Trabalho teve como objetivo realizar analises de sintenia em genes que são diferencialmente expressos em Feijão-Caupi durante a infecção do vírus do mosaico severo do caupi |
| URI: | http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/69954 |
| Appears in Collections: | BIOTECONOLOGIA - Monografias |
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