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Tipo: Tese
Título : Estudo genômico em caprinos leiteiros da raça saanen
Título en inglés: Genomic study in saanen dairy goats
Autor : Sousa, Diego Rodrigues de
Tutor: Lôbo, Raimundo Nonato Braga
Co-asesor: Lôbo, Ana Maria Bezerra Oliveira
Palabras clave : Capra hircus;Desequilíbrio de ligação;Habilidade de predição;Métodos bayesianos
Fecha de publicación : 2020
Citación : SOUSA, Diego Rodrigues de. Estudo genômico em caprinos leiteiros da raça saanen. 2020. 66 f. Tese (Doutorado em Zootecnia) – Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2020.
Resumen en portugués brasileño: Painéis comerciais com milhares de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) a custo acessível revolucionaram os estudos genéticos na pecuária, principalmente por meio da seleção genômica e análise de associação genômica ampla. A seleção genômica tem um aspecto prático, por ser diretamente aplicada aos programas de melhoramento, o que pode possibilitar aumento de acurácia das avaliações genéticas para as características quantitativas. Com base nisso, objetivou-se calcular o desequilíbrio de ligação (DL) dos segmentos cromossômicos no genoma de caprinos da raça Saanen e comparar diferentes modelos para avaliação genômica, com diferentes distribuições a priori para o efeito dos marcadores. Dessa forma, foi avaliado o DL e estimado o tamanho efetivo populacional a partir de marcadores de um painel Axiom_OviCap (Caprine), array customizado da Affimetrix com 62.557 SNPs. Foram genotipados 24 machos e 916 fêmeas que também participaram das avaliações genômicas. O valor médio do DL, expresso pela estimativa do r2, entre marcadores adjacentes (~52 kb), foi de 0,04±0,06. Níveis moderados de DL (r2>0,20), em uma escala de 0 a 1, foram observados em classes de distâncias genéticas até 20 kb. A amplitude dos valores entre os cromossomos variou de 0,03±0,06 a 0,05±0,08. A densidade do painel não foi considerada suficiente para proporcionar DL entre os segmentos cromossômicos para a predição de valores genéticos genômicos. As estimativas do tamanho efetivo populacional diminuíram ao longo do tempo, variando de 42 animais, 19 gerações no passado, para 15 animais na geração atual. Os níveis de diversidade genética nesta população Saanen representam uma ameaça e devem ser monitorados rotineiramente para garantir viabilidade para seleção em longo prazo. As avaliações genômicas para duração da lactação, produção média diária de leite até 305 dias de lactação, produções de leite, gordura, proteína, extrato seco total e lactose até 305 dias de lactação, e contagem de células somáticas até 305 dias de lactação foram realizadas pelos métodos BLUP genômico (GBLUP), Bayes Cπ e LASSO Bayesiano (BLASSO). Os valores genéticos estimados (EBV, do inglês, Estimated Breeding Values) e os valores genéticos estimados deregredidos (dEBV, do inglês, Deregressed Estimated Breeding Values) foram utilizados como variaríeis resposta para predições genômicas. As médias das acurácias de predição, de todas as características, quando o EBV foi utilizado com variável de resposta, foram de aproximadamente 0,682, 0,676 e 0,674 para GBLUP, Bayes Cπ e BLASSO, respectivamente. Quando a variável de resposta utilizada foi o dEBV, as médias das acurácias de predição foram de aproximadamente 0,501, 0,499 e 0,500 para GBLUP, Bayes Cπ e BLASSO, respectivamente. Nenhum dos métodos se destacou em termos de habilidade de predição. No entanto, o método GBLUP foi o mais adequado, por apresentar o menor custo computacional.
Abstract: Affordable commercial panels containing thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) markers have revolutionized genetic studies in livestock, mainly through genomic selection and genome-wide association analysis. Genomic selection has a practical aspect, as it is directly applied to breeding programs, which may allow increase of the accuracy of genetic evaluations for quantitative traits. Based on that, the objective of this study was to calculate the linkage disequilibrium (LD) of chromosomal segments in the Saanen goats genome and to compare different models for genomic evaluation, with different a priori distributions for the effect of markers. Thus, the LD was evaluated and the effective population size was estimated through markers of an Axiom_OviCap (Caprine) panel, and array customized by Affimetrix with 62,557 SNPs. Twenty-four male and 916 were genotyped which also participated in the genomic evaluations. The average LD value, expressed by the estimate of r2, between adjacent markers (~ 52 kb), was 0.04 ± 0.06. Moderate levels of LD (r2>0.20), on a scale of 0 to 1, were observed in genetic distance classes up to 20 kb. The range of values between the chromosomes varied from 0.03 ± 0.06 to 0.05 ± 0.08. The panel density was not sufficient to provide LD between chromosomal segments to predict genomic genetic values. The estimates of effective population size decreased over time, ranging from 42 animals, 19 generations in the past, to 15 animals in the current generation. The levels of genetic diversity in this Saanen population represent a threat and should be routinely monitored to ensure viability for long-term selection. The genomic evaluations for lactation length, average daily milk yield, milk, fat, protein, total dry extract and lactose yields up to 305 days of lactation, as well as somatic cell count up to 305 days of lactation were performed by the methods genomic BLUP (GBLUP), Bayes Cπ and Bayesian LASSO (BLASSO). The estimated breeding values (EBV) and deregressed estimated breeding values (dEBV) were used as response variables for genomic predictions. The averages of prediction accuracies of all traits when EBV was used as a response variable, were approximately 0.682, 0.676 and 0.674 for GBLUP, Bayes Cπ and BLASSO, respectively. When the response variable was dEBV, the averages of prediction accuracies were approximately 0.501, 0.499 and 0.500 for GBLUP, Bayes Cπ and BLASSO, respectively. None of the methods stood out in terms of prediction ability. However, the GBLUP method was the most appropriate, for presenting the lowest computational cost.
URI : http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/53641
Aparece en las colecciones: PPGZO - Teses defendidas na UFC

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