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Title in Portuguese: Caracterização genômica do sorotipo 1 de vírus dengue isolados no Ceará no ano de 2011
Title: Genomic characterization of dengue virus serotype 1 isolated on Ceará in 2011
Author: Barboza, Morgana Maria de Oliveira
Advisor(s): Pires Neto, Roberto da Justa
Keywords: Vírus da Dengue
Doenças Transmissíveis
Issue Date: 2013
Citation: BARBOZA, M. M. O. Caracterização genômica do sorotipo 1 de vírus dengue isolados no Ceará no ano 2011. 2013. 72 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Faculdade de Medicina. Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2013.
Abstract in Portuguese: Dengue virus (DENV) is responsible for leading arboviral today. The clinical features of dengue fever vary widely and one of the hypotheses that attempt to explain the severity of the disease focuses on genetic variation in viruses. The DENV are classified into four antigenically distinct serotypes and since the 80’s is observed variation within serotypes, further subdivided into genotypes. In Brazil, only one genotype DENV-1 circulating in the country. Its introduction in the state of Ceara, in 1986, caused several epidemics. After an epidemiological silence, this serotype return at state and, in 2011, is responsible for one of the biggest epidemics recorded, coinciding with the increase in the number of severe cases of dengue and changes in the epidemiological pattern of the disease. It is in this scenario that we perform molecular characterization of isolates of DENV-1 in the state of Ceara in 2011. RNA was extracted from virus of thirty-three (33) serum samples from patients known to be positive for dengue, confirmed by virus isolation followed by immunofluorescence. Primers delimiting the E/NS1 junction region were used for amplification by RT-PCR in a single step. Sequencing was performed on the ABI Prism 3130 (Biosystems). The sequences generated were analyzed and edited in programs Gap4, Trev and MEGA v.5. For the multiple alignment that included other sequences DENV-1 isolates in Brazil and the world was using the program Muscle. In phylogenetic analysis methods used Neighbor-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML), Maximum Parsimony (MP) and Bayesian Inference, after defining the evolutionary model using the program JModeltest. The result of the analysis of E/NS1 junction region of 17 DENV-1 sequences isolated in 2011 showed several mutations in the third codon with three synonymous and one non-synonymous (The:Ala) replacements. The tree generated by the Bayesian method showed three distinct lineages of DENV-1 in Ceara.
Abstract: O vírus da dengue (VDEN) é responsável pela principal arbovirose da atualidade. As manifestações clínicas da dengue variam amplamente e uma das hipóteses que tentam explicar a gravidade da doença se concentra em variações genéticas nos vírus. Os VDEN são classificados em quatro sorotipos antigenicamente distintos e desde a década de 80 são observadas variações dentro dos sorotipos, posteriormente subdivididos em genótipos. No Brasil, apenas um genótipo de VDEN-1 circula no país. Sua introdução no Estado do Ceará, em 1986, provocou diversas epidemias. Após um silêncio epidemiológico, este sorotipo volta a circular no Estado e, em 2011, é responsável por uma das maiores epidemias registradas, coincidindo com o aumento do número de casos graves de dengue e mudanças no padrão epidemiológico da doença. É neste cenário que realizamos a caracterização molecular de isolados de VDEN-1 no Estado do Ceará no ano de 2011. Foi extraído o RNA do vírus de trinta e três (33) amostras de soro de pacientes sabidamente positivos para dengue, confirmados por isolamento viral seguido por imunofluorescência. Primers delimitando a região de junção E/NS1 foram utilizados para amplificação por RT-PCR em única etapa. O sequenciamento foi realizado no ABI Prism 3130 (Biosystems). As sequências geradas foram analisadas e editadas nos programas Gap4, Trev e MEGA v.5. Para o alinhamento múltiplo que incluía outras sequências de VDEN-1 isolados no Brasil e no mundo foi usado o programa Muscle. Na análise filogenética utilizamos os métodos de Neighbor-Joining (NJ), Máxima Verossimilhança (MV), Máxima Parsimônia (MP) e Inferência Bayesiana, após definição do modelo evolutivo utilizando o programa JModeltest. O resultado da análise da região de junção E/NS1 de 17 sequências de VDEN-1 isolados em 2011 mostrou diversas mutações no terceiro códon, com 3 substituições sinônimas e uma não-sinônima (The:Ala).A árvore gerada pelo método Bayesiano mostrou três linhagens distintas de VDEN-1 no Ceará.
URI: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/5023
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