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Title in Portuguese: Caracterização molecular e análise filogenética de rotavírus a em população infantil com e sem diarreia no semiárido brasileiro.
Title: Molecular characterization and phylogenetic analysis of rotavirus a in children with and without diarrhea in the Brazilian semiarid region.
Author: Pankov, Rafaela Chemello
Advisor(s): Lima, Aldo Ângelo Moreira
Keywords: Rotavírus
Gastroenterite
Issue Date: 26-Jul-2017
Citation: PANKOV, R. C. Caracterização molecular e análise filogenética de rotavírus a em população infantil com e sem diarreia no semiárido brasileiro. 2017. 92 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017.
Abstract in Portuguese: O Rotavírus A (RVA) é um dos principais agentes etiológicos da gastroenterite aguda (GA) infantil e é responsável por aproximadamente 40% dos casos de diarreia em crianças com até 5 anos de idade em todo o mundo. Após a introdução da vacina Rotarix® (RV1) no Brasil houve uma redução da taxa de mortalidade infantil por GA, contudo ainda há altos índices de morbidade. Este estudo tem como objetivo a caracterização epidemiológica, molecular e análise filogenética das cepas de RVA circulantes na população infantil do Semiárido Brasileiro. Como parte do projeto Recodisa,foram incluídas 1200 crianças entre 2 e 36 meses de idade, sendo considerado casos as crianças que apresentaram pelo menos um episódio de diarreia nos 14 dias anteriores a coleta de fezes, e foram recrutados participantes das cidades de Crato (CE), Picos (PI), Ouricuri (PE), Cajazeira (PB), Souza (PB) e Patos (PB) durante os anos de 2009 a 2011. Após o diagnóstico por Luminex, foi verificada uma prevalência de 7,1% (86/1200) de positividade para RVA. A partir deste diagnóstico, 291 amostras, foram selecionadas para análise por PCR em tempo real (qRT-PCR), detecção do gene que codifica a VP6, além do sequenciamento dos genes que codificam para as proteínas VP4 e VP7. Através do qRT-PCR, foi demonstrado positividade de 10,65% para RVA associada a diarreia infantil (P= 0,0472). Ademais, a presença de RVA foi relacionada ao gênero masculino (P=0,0216). Já a ausência de RVA foi associada ao primeiro (P=0,0001) e ao terceiro ano de vida (P=0,0190), corroborando com as taxas de vacinação, onde 89,3% das crianças do estudo receberam as duas doses da vacina. O aleitamento materno exclusivo também foi associado com a ausência de RVA (P=0,0012). Grande parte das crianças com RVA apresentaram diminuição dos sintomas e 80,7% estado nutricional normal. Através da análise dos genes que codificam a VP7 e VP4, foram detectados os genótipos G1, G2 e G3 e P[4], P[8] e P[9], respectivamente, sendo G1P[8] a combinação mais prevalente (57%). Combinações menos comuns também foram detectadas, como G1P[4], G2P[8] e G3P[9]. A análise filogenética das cepas mostra que as amostras genotipadas como P[8] pertencem à linhagem P[8]-1, esta é a mesma linhagem da RV1 e possuem similaridade nucleotídica variando entre 98 e 100%. Sugere-se que as amostras G1 e P[8], evidenciam casos de “shedding” vacinal. Dessa forma, com o vírus da vacina excretado no meio ambiente, uma proteção direta é oferecida as crianças não vacinadas, consequentemente o efeito de vacinação por rebanho, pode ser benéfico para populações com baixa cobertura vacinal. Assim é possível concluir que após a introdução de RV1 e outras medidas preventivas, houve uma redução nos casos deRVA, além de os resultados contribuírem para o entendimento da diversidade genética de RVA em crianças carentes do Semiárido Brasileiro.
Abstract: Rotavirus A (RVA) is the major cause of infantile acute gastroenteritis, being responsible for approximately 40% of all diarrhea cases in children younger than 5 years of age worldwide. After the Rotarix vaccine (RV1) introduction in Brazil, the rates of childhood gastroenteritis-related deaths decreased, however, morbidity rates are still high. This study aimedto investigate the epidemiology, clinical features, vaccination impact and genetic diversity of circulating RVA strains associated with acute gastroenteritis, in children from Semiarid region in northeastern Brazil. As part of the Recodisaproject was included 1200 children in the age group 2-36 months, whereas cases were children with an episode of diarrhea in the last 14 days, and was recruited participants from the cities of Crato (CE), Picos (PI), Ouricuri (PE), Cajazeiras (PB), Souza (PB) and Patos (PB) during the years 2009 to 2011. The initial clinical diagnosis showed RVA prevalence of 7.1% (86/1200) using Luminex. Subsequently, 291 samples were selected for analysis by real-time PCR (qRT-PCR), to detection of the gene coding for VP6 and sequence analyses of the genes encoding VP4 and VP7. By using qRT-PCR, the detection rate of RVA was 10.65% positive, which was associated with infantile diarrhea (P = 0.0472). In addition,RVA infections was related to the male gender (P = 0.0216). The absence of RVA was associated with the first one (P = 0.0001) and the third year of life (P = 0.0190), corroborating with the vaccination rates, where 89,3% of the children in the study received the two doses of the vaccine. Exclusive breastfeeding was also associated with the absence of RVA (P = 0.0012). The majority of children with RVA were observed slightly reduced symptoms of acute gastroenteritis and 80.7% presented a good nutritional status. The genotypes G1, G2 and G3 and P[4], P[8] and P[9] were detected, and the most prevalent combination was G1P[8] (57%). Rare combinations were also detected, such as G1P[4], G2P[8] and G3P[9]. The phylogenetic analysis of the strains shows that the genotype samples as P[8] belong to the lineage P[8]-1, this is the same lineage of RV1 and have nucleotide similarity ranging from 98 to 100%. It is suggested that samples G1 and P[8] show evidence of vaccine shedding. Thus, the vaccine’s virus excreted into the environment, is linked to direct protection of unvaccinated children, consequently the effect of herd immunity provides a measure of protection for populations with low vaccine coverage. In conclusion, this study observed that after the introduction of RV1 and other preventive measures, there was a reduction in cases of RVA, besides the results contribute to the understanding of the genetic diversity of RVA in children from Semiarid region in northeastern Brazil.
URI: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/25028
metadata.dc.type: Dissertação
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